Ο περίπτερος ναός ανήκει στη φάση μετάβασης από την αρχαϊκή στην κλασική περίοδο. Οι διαστάσεις του περιστυλίου είναι 25,33 μ. Χ 67, 82 μ. με 6 κίονες στην πρόσοψη (εξάστυλος) και 15 (2 Χ 6 + 3) στις μακριές πλευρές. Οι κίονες έχουν ύψος 10,19 μ. με πολλά ίχνη γύψου, με τον οποίο ήταν καλυμμένοι.
Ο ναός είναι πιο επιμήκης από μεταγενέστερους ναούς. Το χαρακτηριστικό του είναι οι πολλές βαθμίδες: είναι δέκα στα ανατολικά. O σηκός έχει πρόναο εν παραστάσει, μετά έξι βαθμίδες οδηγούν στον σηκό και άλλες έξι στο άδυτο. Πίσω από αυτό υπάρχει οπισθόδομος εν παραστάσει.
Οπτικές αλλοιώσεις: ένταση στη βάση και μείωση στην κορυφή του κίονα, συστολή της μεσοκιόνιας απόστασης στις γωνίες και διαστολή στις μετόπες της γωνίας. Οι μετόπες του θριγκού είναι από τοπική πέτρα, εκτός από τα κεφάλια και τα γυμνά μέρη των γυναικών, που είναι από λευκό μάρμαρο της Πάρου. Χρονολογούνται περί το 470 π.Χ. και η τεχνοτροπία δείχνει εξέλιξη προς τον κλασικό ρυθμό.
Έχουν σωθεί τέσσερις ολόκληρες μετόπες: ο Ηρακλής φονεύει την Αμαζόνα Αντιόπη, ο γάμος του Διός με την Ήρα, ο Ακταίων κομματιάζεται από τα κυνηγόσκυλα της Άρτεμης, η Αθηνά σκοτώνει τον γίγαντα Εγκέλαδο και κομμάτια από μία πέμπτη, ίσως με τον Απόλλωνα και τη Δάφνη.
O ναός Ε βρίσκεται στον ανατολικό λόφο του Σελινούντα, νοτιότερα από δύο άλλους ερειπωμένους: τον ναό F και τον τεράστιο ναό.
