Η Κρήτη δεν περίμενε πολύ για να ξανασηκώσει κεφάλι μετά τη Μάχη της Κρήτης. Μόλις λίγες εβδομάδες μετά την κατάληψη του νησιού από τους Γερμανούς, δημιουργήθηκε μια από τις πρώτες και σημαντικότερες αντιστασιακές κινήσεις της Κατοχής: η Ανωτάτη Επιτροπή Αγώνος Κρήτης, γνωστή και ως Α.Ε.Α.Κ.. Η οργάνωση ιδρύθηκε τον Ιούνιο του 1941 και θεωρείται η πρώτη ένοπλη αντιστασιακή οργάνωση που εμφανίστηκε στον ελλαδικό χώρο μετά την κατάληψη της χώρας από τις δυνάμεις του Άξονα.
Η ίδρυσή της έγινε στα Χανιά, στις 15 Ιουνίου 1941, μόλις δύο εβδομάδες μετά το τέλος της Μάχης της Κρήτης. Το νησί είχε μόλις περάσει σε γερμανική κατοχή, όμως η αντίσταση δεν είχε σβήσει. Αντίθετα, η ίδια η εμπειρία της μάχης είχε αφήσει πίσω της ένα κλίμα πολεμικής ετοιμότητας, οργής και πείσματος. Οι Κρητικοί είχαν ήδη πολεμήσει στο πλευρό των συμμαχικών δυνάμεων και είχαν δει από κοντά τη βία της γερμανικής εισβολής. Μέσα σε αυτό το περιβάλλον γεννήθηκε η Α.Ε.Α.Κ.
Ιδρυτικά μέλη της οργάνωσης ήταν πρόσωπα με κοινωνικό κύρος, πολιτική εμπειρία και έντονη αντιστασιακή διάθεση. Ανάμεσά τους ήταν ο γιατρός Ιωάννης Παΐζης από τα Χανιά, ο συνταγματάρχης Ανδρέας Παπαδάκης από το Ρέθυμνο, βετεράνος της Μικρασιατικής Εκστρατείας, οι δικηγόροι Τίτος Γεωργιάδης και Ιωάννης Ιωαννίδης από τους νομούς Ηρακλείου και Λασιθίου, καθώς και ο Ανδρέας Πολέντας, που ανέλαβε γενικός γραμματέας. Στη διοικούσα επιτροπή συμμετείχε επίσης ο πρόεδρος Εφετών Κρήτης Αριστομένης Καρακουλάκης.
Η ιδεολογική ταυτότητα της Α.Ε.Α.Κ. ήταν βενιζελική. Αυτό είχε ιδιαίτερη σημασία στην Κρήτη, όπου ο βενιζελισμός δεν ήταν απλώς πολιτική τοποθέτηση, αλλά βαθύ ιστορικό και κοινωνικό ρεύμα. Ορισμένα από τα ιδρυτικά μέλη της είχαν μάλιστα συμμετάσχει στο αποτυχημένο κίνημα του 1938 εναντίον του καθεστώτος της 4ης Αυγούστου. Έτσι, η οργάνωση εξέφραζε τόσο την αντίθεση στη γερμανική κατοχή όσο και μια ευρύτερη δημοκρατική, αντιδικτατορική παράδοση.
Η έδρα της Α.Ε.Α.Κ. βρισκόταν στην οικία του συνταγματάρχη Ανδρέα Παπαδάκη, στην περιοχή Βουρβουρές, ανάμεσα στα χωριά Ασή Γωνιά και Καλλικράτης. Η επιλογή δεν ήταν τυχαία. Η ορεινή Κρήτη, με τα δύσβατα περάσματα, τα χωριά με ισχυρούς δεσμούς και την παράδοση ένοπλης αντίστασης, πρόσφερε φυσικό πεδίο για μυστική δράση. Εκεί μπορούσαν να οργανωθούν επαφές, μετακινήσεις και επιχειρήσεις μακριά από τον άμεσο έλεγχο των κατοχικών αρχών.
Μία από τις βασικές δράσεις της οργάνωσης ήταν η διάσωση και διαφυγή Συμμάχων στρατιωτικών που είχαν μείνει εγκλωβισμένοι στην Κρήτη μετά την κατάληψη του νησιού. Μετά τη Μάχη της Κρήτης, αρκετοί Βρετανοί, Αυστραλοί, Νεοζηλανδοί και άλλοι στρατιώτες δεν κατάφεραν να αποχωρήσουν. Κρύφτηκαν σε χωριά, βουνά και αγροτικές περιοχές, συχνά με τη βοήθεια ντόπιων. Η Α.Ε.Α.Κ. συνέβαλε στον συντονισμό αυτής της βοήθειας, στην προστασία τους και, όπου ήταν δυνατόν, στη διαφυγή τους προς τη Μέση Ανατολή.
Παράλληλα, η οργάνωση δραστηριοποιήθηκε στη συλλογή και μεταφορά στρατιωτικών πληροφοριών. Οι πληροφορίες αυτές διοχετεύονταν στη βρετανική κατασκοπεία που δρούσε στο νησί. Η Κρήτη είχε μεγάλη στρατηγική σημασία για τον πόλεμο στην Ανατολική Μεσόγειο. Οι κινήσεις των γερμανικών στρατευμάτων, οι εγκαταστάσεις, οι φρουρές, τα αεροδρόμια και τα λιμάνια του νησιού ενδιέφεραν άμεσα τους Συμμάχους. Η Α.Ε.Α.Κ. λειτούργησε ως κρίσιμος κρίκος ανάμεσα στην τοπική κοινωνία και τα συμμαχικά δίκτυα πληροφοριών.
Το τίμημα, όμως, ήταν βαρύ. Η δράση του Ανδρέα Πολέντα καταδόθηκε στους Γερμανούς. Συνελήφθη και εκτελέστηκε στις φυλακές της Αγιάς στις 21 Δεκεμβρίου 1942. Η εκτέλεσή του δείχνει το επίπεδο κινδύνου που αντιμετώπιζαν τα μέλη τέτοιων οργανώσεων. Δεν επρόκειτο για θεωρητική αντίσταση ούτε για συμβολική διαμαρτυρία. Κάθε επαφή, κάθε μήνυμα, κάθε φιλοξενία καταδιωκόμενου μπορούσε να οδηγήσει σε θάνατο.
Η Α.Ε.Α.Κ. δεν συνέχισε ως αυτόνομη οργάνωση μέχρι το τέλος της Κατοχής. Το 1943 ενσωματώθηκε στην Εθνική Οργάνωση Κρήτης, η οποία ιδρύθηκε τον Ιούλιο εκείνης της χρονιάς και αποτέλεσε συνέχεια και εξέλιξη του αντιστασιακού χώρου στον οποίο ανήκε. Με αυτή την έννοια, η Α.Ε.Α.Κ. υπήρξε πρόδρομος, θεμέλιο και αρχικό οργανωτικό κύτταρο της κρητικής αντίστασης.
Η σημασία της βρίσκεται κυρίως στον χρόνο και στον τόπο της εμφάνισής της. Ιδρύθηκε σχεδόν αμέσως μετά την κατάκτηση της Κρήτης, όταν η γερμανική ισχύς φαινόταν απόλυτη και η Ελλάδα βρισκόταν υπό κατοχή. Η ύπαρξή της απέδειξε ότι η αντίσταση δεν ξεκίνησε αργά ούτε γεννήθηκε μόνο μέσα από μεγάλες οργανώσεις των επόμενων ετών. Στην Κρήτη, η ένοπλη και οργανωμένη αντίσταση εμφανίστηκε σχεδόν αμέσως.
Η Ανωτάτη Επιτροπή Αγώνος Κρήτης ανήκει στις οργανώσεις που αξίζουν μεγαλύτερη θέση στη συλλογική μνήμη. Δεν ήταν απλώς μια τοπική ομάδα. Ήταν το πρώτο οργανωμένο σήμα ότι η κατεχόμενη Ελλάδα δεν είχε αποδεχθεί τη μοίρα της. Και στην περίπτωση της Κρήτης, αυτό το σήμα δόθηκε πολύ νωρίς, με ανθρώπους που γνώριζαν τον κίνδυνο και παρ’ όλα αυτά διάλεξαν να δράσουν.