Η Στρατιωτική Ιεραρχία ήταν μια ιδιαίτερη αντιστασιακή οργάνωση της Κατοχής, γιατί δεν δημιουργήθηκε από πολιτικά κόμματα, νεολαιίστικους πυρήνες ή τοπικές ομάδες πολιτών, αλλά από ανώτατους Έλληνες αξιωματικούς. Η οργάνωση ιδρύθηκε στις 20 Μαΐου 1943 και συνδέθηκε με την προσπάθεια ενός τμήματος της παλιάς στρατιωτικής ηγεσίας να διατηρήσει ρόλο στον αντικατοχικό αγώνα και στη μελλοντική στρατιωτική οργάνωση της χώρας.
Κεντρικό πρόσωπο της ίδρυσης ήταν ο τότε αντιστράτηγος Αλέξανδρος Παπάγος, ο αρχιστράτηγος του ελληνοϊταλικού πολέμου. Μαζί του συμμετείχαν ανώτατοι αξιωματικοί όπως ο Κωνσταντίνος Μπακόπουλος, ο Γεώργιος Κοσμάς, ο Παναγιώτης Δέδες, ο Ιωάννης Πιτσίκας και ο Δημήτριος Παπαδόπουλος. Η οργάνωση είχε στρατιωτικό χαρακτήρα και δρούσε κυρίως με αναφορά στη Μακεδονία, απέναντι στους Γερμανούς και τους Βουλγάρους.
Ο Παπάγος είχε προηγουμένως επαφές με την αντιστασιακή οργάνωση Εθνική Δράση, όμως τελικά αποφάσισε να προχωρήσει στη δημιουργία μιας νέας δομής. Η επιλογή αυτή φανερώνει την ανάγκη των ανώτατων αξιωματικών να αποκτήσουν δική τους οργανωμένη παρουσία μέσα στο κατακερματισμένο αντιστασιακό τοπίο. Το 1943, η Αντίσταση είχε ήδη πολιτικοποιηθεί έντονα. Το ΕΑΜ-ΕΛΑΣ είχε αποκτήσει μεγάλη δύναμη, ο ΕΔΕΣ είχε ένοπλη παρουσία στην Ήπειρο, η ΕΚΚΑ συγκροτούσε το 5/42 Σύνταγμα Ευζώνων, ενώ οι Βρετανοί προσπαθούσαν να συντονίσουν και να επηρεάσουν τις εξελίξεις.
Σε αυτό το πλαίσιο, η Στρατιωτική Ιεραρχία εξέφραζε την ιδέα ότι οι επαγγελματίες αξιωματικοί έπρεπε να έχουν λόγο στον αντιστασιακό αγώνα και στη στρατιωτική διοίκηση. Πολλοί αξιωματικοί προσέγγισαν αυθόρμητα την οργάνωση, ανάμεσά τους οι αντιστράτηγοι Κοσμάς, Πιτσίκας, Μπακόπουλος, Δέδες και Παπαδόπουλος. Επιτελάρχης της ήταν ο αντισυνταγματάρχης Μιχαήλ Αντωνόπουλος, γνωστός με το ψευδώνυμο «Αννίβας», ένας από τους απότακτους του 1935.
Η οργάνωση είχε ως στόχο, σύμφωνα με σχετικές μαρτυρίες, τη διατήρηση του στρατιωτικού πνεύματος, της πειθαρχίας και των στρατιωτικών παραδόσεων. Αυτό δεν ήταν απλή τυπική διατύπωση. Μετά την κατάρρευση του μετώπου και την κατοχή της χώρας, ο ελληνικός στρατός ως θεσμός είχε διαλυθεί στο εσωτερικό. Πολλοί αξιωματικοί βρίσκονταν σε αδράνεια, άλλοι είχαν φύγει στη Μέση Ανατολή, ενώ άλλοι συμμετείχαν σε αντιστασιακές οργανώσεις. Η Στρατιωτική Ιεραρχία προσπάθησε να κρατήσει μια συνέχεια της παλιάς στρατιωτικής ηγεσίας μέσα στην κατεχόμενη Ελλάδα.
Παράλληλα, ο σκοπός της ήταν η οργάνωση και διεξαγωγή του αγώνα κατά του κατακτητή, αλλά και κατά του «εσωτερικού εχθρού». Η φράση αυτή δείχνει το κλίμα της εποχής. Για πολλές μη εαμικές δυνάμεις, ο κίνδυνος δεν ήταν μόνο οι Γερμανοί ή οι Βούλγαροι, αλλά και η αυξανόμενη επιρροή του ΕΑΜ-ΕΛΑΣ. Έτσι, ακόμη και οργανώσεις με αντικατοχικό χαρακτήρα εντάσσονταν σταδιακά στην πολιτική αντιπαράθεση που θα κορυφωνόταν μετά την Απελευθέρωση.
Ένα ενδιαφέρον επεισόδιο αφορά την πρόταση της Στρατιωτικής Ιεραρχίας να αναλάβει ο υποστράτηγος Νικόλαος Τσιπούρας την αρχηγία του Κοινού Γενικού Στρατηγείου Ανταρτών. Το σκεπτικό ήταν ότι ο Τσιπούρας ήταν αρχαιότερος όλων των ανωτάτων αξιωματικών. Η πρόταση όμως δεν έγινε αποδεκτή. Ο Τσιπούρας μάλιστα συνελήφθη για μικρό χρονικό διάστημα, καθώς υπήρχαν κατηγορίες και επιφυλάξεις λόγω της θητείας του σε διοικητικές θέσεις την περίοδο της Κατοχής. Άλλες πηγές αναφέρουν ότι προσέγγισε τον ΕΛΑΣ, χωρίς επιτυχία.
Η υπόθεση αυτή δείχνει πόσο δύσκολο ήταν να επιβληθεί μια «παραδοσιακή» στρατιωτική ιεραρχία πάνω στο αντάρτικο κίνημα. Οι οργανώσεις της Αντίστασης είχαν πλέον δική τους πολιτική βάση, δικούς τους καπετάνιους, δικές τους σχέσεις με τους Βρετανούς και δικά τους σχέδια για τη μεταπολεμική Ελλάδα. Το κύρος των προπολεμικών στρατηγών δεν αρκούσε για να τους εξασφαλίσει κεντρικό ρόλο.
Η Στρατιωτική Ιεραρχία είχε σύντομη ζωή. Στις 25 Ιουλίου 1943, ο Παπάγος και οι περισσότεροι από τους αντιστράτηγους της οργάνωσης συνελήφθησαν, με εξαίρεση τον Παπαδόπουλο. Μετά από αυτό το πλήγμα, η οργάνωση ουσιαστικά έπαψε να υφίσταται. Η σύντομη διάρκειά της δεν της επέτρεψε να εξελιχθεί σε μεγάλη αντιστασιακή δύναμη ή να αποκτήσει σημαντική επιχειρησιακή δράση.
Παρά τη σύντομη πορεία της, η Στρατιωτική Ιεραρχία είναι ιστορικά ενδιαφέρουσα γιατί αποκαλύπτει μια άλλη πλευρά της Κατοχής: την προσπάθεια της παλιάς στρατιωτικής ελίτ να επανέλθει στο προσκήνιο. Δεν ήταν οργάνωση μαζική, ούτε λαϊκή, ούτε νεολαιίστικη. Ήταν έκφραση ενός κόσμου αξιωματικών που ήθελαν να κρατήσουν ζωντανή τη στρατιωτική συνέχεια του κράτους και να αποτρέψουν την πλήρη κυριαρχία των πολιτικοποιημένων αντάρτικων οργανώσεων.
Η ιστορία της δείχνει επίσης πόσο γρήγορα η Αντίσταση έγινε πεδίο ανταγωνισμού για τη νομιμοποίηση και την εξουσία. Ποιος είχε το δικαίωμα να διοικήσει τον αγώνα; Οι αντάρτικες οργανώσεις που πολεμούσαν στο βουνό; Οι εξόριστες αρχές; Οι Βρετανοί σύνδεσμοι; Οι παλιοί στρατηγοί; Η Στρατιωτική Ιεραρχία υπήρξε μια απόπειρα απάντησης από την πλευρά των ανώτατων αξιωματικών. Η σύλληψη του Παπάγου και των συνεργατών του την έκλεισε γρήγορα, αλλά το ερώτημα που έθεσε παρέμεινε ανοιχτό μέχρι την Απελευθέρωση και τον Εμφύλιο.